Đức Tổng Giám Mục Onufry, nhà lãnh đạo Giáo hội Chính thống giáo Ukraine, gọi tắt là UOC, đã tuyên bố rằng “chúng tôi không còn là một phần của tòa thượng phụ Mạc Tư Khoa nữa”. Ngài đưa ra lập trường trên trong một tuyên bố long trọng đính kèm các tài liệu chỉ ra rằng Thượng Phụ Kirill mắc phải những sai lầm nghiêm trọng về thần học, và cảnh báo rằng ông ta đang đưa Chính Thống Giáo Nga đến chỗ lạc giáo. Đức Tổng Giám Mục Onufry cũng vạch ra những quan điểm sai lầm của Thượng phụ Kirill đối với cuộc xâm lược Ukraine của Putin.

Thượng phụ Kirill đã gọi cuộc xâm lược Ukraine của Nga là “sự kiện thời sự” và tránh sử dụng các thuật ngữ như chiến tranh hoặc xâm lược, tuân thủ chặt chẽ luật kiểm duyệt của Nga. Kirill ủng hộ cuộc xâm lược và đã ban phước cho những người lính Nga đang chiến đấu ở đó. Do đó, một số linh mục của Giáo hội Chính thống giáo Nga tại Ukraine đã ngừng nhắc đến tên Kirill trong Phụng Vụ Thánh. Tòa thượng phụ Mạc Tư Khoa coi Ukraine là một phần của “lãnh thổ giáo luật” của họ. Kirill đã nói rằng quân đội Nga đã chọn một cách hành động rất đúng đắn khi xâm lược Ukraine.

Kirill coi các cuộc diễn hành tự hào đồng tính là một phần lý do đằng sau cuộc chiến tranh của Nga chống lại Ukraine. Ông đã nói rằng cuộc chiến này không quan trọng về mặt thể lý, mà quan trọng về mặt siêu hình.

Trong những ngày sau khi thế giới biết về vụ thảm sát Bucha năm 2022 do những kẻ xâm lược Nga ở Ukraine gây ra, Kirill kêu gọi các tín hữu của ông nên sẵn sàng “bảo vệ quê hương” trong mọi hoàn cảnh.

Vào ngày 6 tháng 3 năm 2022, là ngày lễ Chúa Nhật Tha thứ, trong buổi lễ tại Nhà thờ Chúa Cứu thế, ông đã biện minh cho cuộc tấn công của Nga vào Ukraine, tuyên bố rằng cần phải đứng về phía “Donbas” (tức là Cộng hòa Nhân dân Donetsk và Luhansk), nơi ông nói rằng có một “cuộc diệt chủng” kéo dài 8 năm của Ukraine và nơi, theo lời Kirill nói, Ukraine muốn thực thi các sự kiện tự hào đồng tính đối với người dân địa phương. Mặc dù ngày lễ này dành riêng cho khái niệm tha thứ, Kirill cho biết không thể có sự tha thứ nếu không thực hiện “công lý” trước, nếu không thì đó là sự đầu hàng và yếu đuối. Bài phát biểu đã bị quốc tế lên án mạnh mẽ, vì Kirill nhắc lại tuyên bố của Tổng thống Putin rằng Nga đang chiến đấu chống lại “chủ nghĩa phát xít” ở Ukraine. Trong suốt bài phát biểu, Kirill không sử dụng thuật ngữ “người Ukraine”, mà gọi chung cả người Nga và người Ukraine đơn giản là “Người Nga thánh thiện”, đồng thời tuyên bố những người lính Nga ở Ukraine đã “hy sinh mạng sống của mình vì một người bạn”, ám chỉ đến Phúc âm của Thánh Gioan.

Vào ngày 9 tháng 3 năm 2022, sau buổi lễ, ông tuyên bố rằng Nga có quyền sử dụng vũ lực chống lại Ukraine để bảo đảm an ninh cho Nga, rằng người Ukraine và người Nga là một dân tộc, rằng Nga và Ukraine là một quốc gia, rằng phương Tây kích động người Ukraine giết người Nga để gieo rắc sự bất hòa giữa người Nga và người Ukraine và cung cấp vũ khí cho người Ukraine vì mục đích cụ thể này, và do đó phương Tây là đối phương của Nga và là kẻ thù của Chúa.

Trong một lá thư gửi Hội đồng Giáo hội Thế giới, gọi tắt là WCC được gửi vào tháng 3 năm 2022, Kirill biện minh cho cuộc tấn công vào Ukraine khi cho rằng Nga muốn chống lại việc mở rộng NATO, bảo vệ tiếng Nga và duy trì Giáo hội Chính thống giáo Ukraine. Trong lá thư này, ông không bày tỏ một chữ nào chia buồn về cái chết của những người Ukraine.

Kirill đã tham gia cuộc gọi video Zoom với Đức Thánh Cha Phanxicô vào ngày 16 tháng 3 năm 2022, trong đó Đức Thánh Cha Phanxicô đã tuyên bố trong một cuộc phỏng vấn rằng Kirill đã “đọc từ một tờ giấy mà ông đang cầm trên tay tất cả các lý do biện minh cho cuộc xâm lược của Nga”. Đức Thánh Cha Phanxicô đã gọi Kirill là “cậu bé giúp lễ của Putin”, một thành ngữ mà Tòa Thượng Phụ Mạc Tư Khoa cho rằng rất xúc phạm.

Vào ngày 27 tháng 3 năm 2022, Kirill bày tỏ sự ủng hộ của mình đối với hành động của Rosgvardiya tại Ukraine, ca ngợi các chiến binh đã thực hiện nghĩa vụ quân sự và cầu mong Chúa giúp đỡ họ trong vấn đề này.

Sau vụ thảm sát Bucha ngày 3 tháng 4, Kirill, phát biểu tại Nhà thờ chính tòa của Quân đội Nga, đã ca ngợi quân đội vì những “chiến công” phục vụ, nói rằng nước Nga “hòa bình”.

Các đại diện của Vatican và các hệ phái Kitô khác đã chỉ trích Kirill vì ông không muốn tìm kiếm hòa bình ở Ukraine nhưng lại cổ vũ cho bạo lực. Vào ngày 3 tháng 4, cựu Tổng giám mục Canterbury Rowan Williams cho biết có lý do chính đáng để trục xuất Giáo hội Chính thống giáo Nga khỏi WCC, ông nói rằng, “Khi một Giáo hội đang tích cực ủng hộ một cuộc chiến tranh xâm lược, không lên án những vi phạm trắng trợn về bất kỳ hành vi đạo đức nào trong thời chiến, thì các Giáo hội khác có quyền nêu vấn đề... Tôi vẫn đang chờ bất kỳ thành viên cao cấp nào của hệ thống cấp bậc Chính thống giáo nói rằng hành vi tàn sát người vô tội bị lên án một cách rõ ràng bởi tất cả các hình thức Kitô giáo.”

Nhà thờ Chính thống giáo Nga St Nicholas ở Amsterdam đã tuyên bố rằng họ không còn có thể hoạt động trong tòa thượng phụ Mạc Tư Khoa nữa vì thái độ của Kirill đối với cuộc xâm lược của Nga, và thay vào đó yêu cầu gia nhập Tòa thượng phụ Đại kết Constantinople. Chính thống giáo Nga ở Lithuania đã tuyên bố rằng họ không chia sẻ quan điểm chính trị và nhận thức của Kirill và do đó quyết định độc lập khỏi Mạc Tư Khoa.

Vào ngày 10 tháng 4 năm 2022, 200 linh mục từ Giáo hội Chính thống giáo Ukraine (Tòa Thượng phụ Mạc Tư Khoa) đã đưa ra một yêu cầu công khai tới các giáo chủ của các Giáo hội Chính thống giáo Đông phương tự trị khác, yêu cầu họ triệu tập một Hội đồng các giáo chủ của các Giáo hội Đông phương cổ đại ở cấp độ Chính thống giáo toàn quốc và xét xử Kirill vì tội dị giáo khi rao giảng “Học thuyết thế giới Nga” và tội ác đạo đức khi “ban phước cho cuộc chiến chống lại Ukraine và hoàn toàn ủng hộ bản chất hung hăng của quân đội Nga trên lãnh thổ Ukraine”. Họ lưu ý rằng họ “không thể tiếp tục tuân theo bất kỳ hình thức nào theo giáo luật đối với Thượng phụ Mạc Tư Khoa” và yêu cầu Hội đồng các giáo chủ “đưa Thượng phụ Kirill ra trước công lý và tước quyền nắm giữ Tòa Thượng Phụ Mạc Tư Khoa của ông ta”.

Vào ngày 23 tháng 5 năm 2022, Kirill tuyên bố rằng trẻ em học sinh Nga phải coi quân đội Nga chiến đấu chống lại Ukraine là tấm gương về hành vi anh hùng.

Khi Giáo hội Chính thống giáo Ukraine, gọi tắt là UOC tách khỏi Tòa Thượng phụ Mạc Tư Khoa vào ngày 27 tháng 5 năm 2022, Kirill tuyên bố rằng “những linh hồn độc ác” muốn chia cắt người dân Nga và Ukraine nhưng “chúng sẽ không thành công”. Giáo hội Ukraine đã đưa ra một tuyên bố trong đó nêu rõ “chúng tôi đã thông qua các bổ sung và thay đổi có liên quan đối với Quy chế về Quản lý Giáo hội Chính thống giáo Ukraine, chứng minh cho quyền tự chủ và độc lập hoàn toàn của Giáo hội Chính thống giáo Ukraine”.

Giáo hội Chính thống giáo Ukraine thông qua quy định rằng các giáo sĩ tuyên bố 'bất kỳ điều khoản nào ám chỉ hoặc chỉ ra mối liên hệ với Mạc Tư Khoa đều bị loại trừ', Giáo hội Chính thống giáo Nga bỏ qua điều này và tiếp tục đưa các giáo sĩ UOC-MP vào các ủy ban hoặc nhóm làm việc khác nhau của mình mặc dù những cá nhân này không đồng ý với điều này hoặc thậm chí không muốn được đưa vào.

Đức Hồng Y Kurt Koch, chủ tịch Hội đồng Giáo hoàng về Thúc đẩy Hiệp nhất Kitô giáo, cho biết việc đức thượng phụ hợp pháp hóa “cuộc chiến tàn bạo và phi lý” là “một tà thuyết”.

Kirill ủng hộ việc huy động người dân ra mặt trận ở Ukraine, ông kêu gọi người dân hoàn thành nghĩa vụ quân sự và nếu họ hy sinh vì đất nước, họ sẽ được ở bên Chúa trong vương quốc của Người.

Vào ngày 5 Tháng Giêng năm 2023, Thượng phụ Kirill đã đưa ra tuyên bố: “Tôi, Kirill, Đức Thượng phụ của Mạc Tư Khoa và toàn thể nước Nga, kêu gọi tất cả các bên liên quan đến cuộc xung đột nội bộ ngừng bắn và thiết lập lệnh ngừng bắn vào dịp Giáng Sinh từ 12:00 ngày 6 Tháng Giêng đến 00:00 ngày 7 Tháng Giêng để những người Chính thống giáo có thể tham dự các buổi lễ vào Đêm Giáng Sinh và Ngày Chúa Giáng Sinh.” Bằng cách gọi cuộc xâm lược Ukraine của Putin là cuộc xung đột nội bộ, Kirill coi Ukraine là một phần của nước Nga và điều này bị các nhà lãnh đạo Chính Thống Giáo Ukraine lên án mạnh mẽ.

Vào ngày 26 tháng 2 năm 2023, ông tuyên bố ủng hộ việc sáp nhập Donbass và cho rằng vùng này thuộc về Nga.

Vào ngày 27 tháng 3 năm 2024, Hội đồng Nhân dân Nga Thế giới do Kirill lãnh đạo đã công bố một tuyên bố ủng hộ cuộc chiến của Nga tại Ukraine. Tuyên bố này mô tả cuộc xung đột là một “Cuộc chiến tranh thần thánh”, nêu rõ: “theo quan điểm tinh thần và đạo đức, hoạt động quân sự đặc biệt là một Cuộc chiến tranh thần thánh, trong đó Nga và người dân của mình đang bảo vệ không gian tinh thần duy nhất của Nước Nga thiêng liêng”. Mục tiêu của hoạt động quân sự được tuyên bố là: “bảo vệ thế giới khỏi sự tấn công của chủ nghĩa toàn cầu và chiến thắng của phương Tây, nơi đã rơi vào chủ nghĩa Satan”. Tài liệu nêu rõ rằng toàn bộ lãnh thổ Ukraine sẽ trở thành “khu vực chịu ảnh hưởng độc quyền của Nga”.

Để đáp lại các quan điểm sai trái của Thượng Phụ Kirill, nhiều quốc gia, và tổ chức quốc tế đã ra lệnh trừng phạt Kirill.

Vào ngày 4 tháng 5 năm 2022, Kirill đã bị đưa vào danh sách 58 thực thể bị Ủy ban Âu Châu đề xuất trừng phạt liên quan đến cuộc xâm lược Ukraine, theo Agence France-Presse. Tuy nhiên, các báo cáo sau đó nêu rằng ông đã được xóa khỏi danh sách sau sự can thiệp của chính phủ Hung Gia Lợi.

Kirill đã bị Canada, Ukraine và Vương quốc Anh trừng phạt vào đầu năm 2022, sau này nói rằng “Thượng phụ Kirill đã đưa ra nhiều tuyên bố công khai ủng hộ cuộc xâm lược Ukraine của Nga. Do đó, ông tham gia, hỗ trợ hoặc thúc đẩy bất kỳ chính sách hoặc hành động nào làm mất ổn định Ukraine hoặc làm suy yếu hoặc đe dọa toàn vẹn lãnh thổ, chủ quyền hoặc độc lập của Ukraine.”

Kirill cũng bị Cộng hòa Tiệp trừng phạt vào tháng 5 năm 2023.